Origine du coronavirus SARS-CoV-2 : détecté et en circulation en France depuis le 5 novembre 2019 ?

« Quand les mystères sont très malins, ils se cachent dans la lumière. » (Jean Giono, 1968).




C’est une très étrange découverte que l’INSERM, l’Institut national de la santé et de la recherche médicale, a annoncée ce mercredi 10 février 2021 en milieu de journée. Elle pourrait nous faire mieux comprendre l'origine du coronavirus SARS-CoV-2, ou plutôt, mieux ne pas comprendre son origine. Ce grand centre de recherche médicale a réalisé des travaux qui laisseraient entendre que le  coronavirus SARS-CoV-2 aurait circulé en France dès le mois de novembre 2019. Ces travaux ont été publiés le 6 février 2021 dans la revue scientifique "European Journal of Epidemiology" avec ce titre : "Evidence of early circulation of SARS-CoV-2 in France: findings from the population-based 'CONSTANCES' cohort" (qu'on peut télécharger et lire ici) où l'on peut lire toutes les explications sur les conditions d'analyses et d'où provienent les deux graphiques et le tableau ci-dessous.

Cette information très importante a de quoi étonner puisqu’on avait semblé comprendre que ce virus qui a provoqué la pandémie de covid-19 qui bouleverse le monde et nos vies depuis plus d’un an était originaire du marché aux animaux de Wuhan, en Chine, au mois de décembre 2019.

Mais avant de réfléchir sur l’origine, revenons à la méthode de l’INSERM.

L’INSERM est l’un des plus grands instituts de recherche français, qui coordonne la recherche en santé en vue d’améliorer la santé humaine. Il est constitué de près de 300 unités de recherche et d’une trentaine de centres d’investigation clinique. Force de frappe de près de 15 000 personnes créée en 1964, l’INSERM possède 1 900 familles de brevets actives en 2019, premier déposant européen dans le secteur pharmaceutique, troisième déposant européen en biotechnologies et septième déposant français toutes organisations et tous secteurs confondus. Si je présente de façon très élogieuse l’INSERM, c’est pour dire que l’institut a une très belle réputation mondiale (on se bouscule pour pouvoir y travailler) et que plus cette réputation est grande, plus l’information qu’elle diffuse a un enjeu élevé et est donc rigoureuse.



Parmi les programmes de recherche sanitaire sous la responsabilité de l’INSERM, il y a ce projet de surveillance sérologique depuis près d’une dizaine d’années : depuis 2012, un groupe de 215 000 personnes adultes âgées de 18 à 69 ans en 2012, représentatif de la population française, est en effet suivi avec des prélèvements sanguins réguliers. Ces échantillons de sérum sont collectés et stockés dans une biobanque centralisée. C’est un programme général qui vise, au-delà de suivre la santé de ces personnes volontaires appartenant à la "cohorte Constances" (c’est le nom du groupe représentatif), à surveiller l’apparition ou l’évolution d’éléments qui pourraient impacter sur la santé publique. En gros, l’INSERM dispose d’images rétrospectives du sang de ces personnes depuis dix ans.

On a donc eu l’idée d’analyser le sang stocké d’un certain nombre de personnes de cette cohorte pour y détecter la présence éventuelle d’anticorps développés par la présence du nouveau coronavirus SARS-CoV-2. Ce programme de l’INSERM est un grand travail en équipe, en collaboration avec l’IRD (Institut de recherche pour le développement), Sorbonne Université et l’Université de Versaillles-Saint-Quentin-en-Yvelines.

Rejetons tout complotisme : en novembre 2019, on ne connaissait évidemment pas l’existence du coronavirus SARS-CoV-2 et l’on ne l’a donc pas cherché à l’époque. C’est parce qu’on a stocké les échantillons sanguins qu’on peut y revenir et faire des analyses a posteriori, et cela de manière systématique grâce à des premiers tests rapides qui, s’ils sont positifs, sont ensuite validés (ou invalidés) par des tests plus poussés aux résultats plus sûrs. Un peu comme dans l’observation des étoiles vieilles de plusieurs milliards d’années, ces échantillons de serum vieux de quelques mois ou années peuvent encore parler dans des investigations ultérieures.

Les 9 144 échantillons du sérum des personnes de la cohorte vivant dans les douze régions métropolitaines, qui ont été collectés du 4 novembre 2019 au 16 mars 2020, ont ainsi été analysés. Chez 353 participants (3,9%), le programme a identifié un test positif aux anticorps anti-SARS-CoV-2 (ces tests Elisa sont rapides et sont destinés à faire une présélection).



La proportion de participants positifs est passée de 1,9% en novembre 2019 et 1,3% en décembre 2019 à 5,0% en janvier 2020, 5,2% en février 2020 et 6,7% dans la première moitié du mois de mars 2020. Bien que communiqué, ces pourcentages par rapport au temps ne sont peut-être pas très représentatifs, ni s’ils valident réellement la présence du coronavirus dans le cas où le second test invalide le premier résultat. En revanche, le second test est nettement plus significatif quand les deux sont positifs.



On a détecté des anticorps neutralisants dans 44 échantillons, par des tests de micro-neutralisation interne. Parmi eux, 13 ont été prélevés entre le 5 novembre 2019 et le 30 janvier 2020. Une enquête a donc été réalisée auprès de 11 des 13 participants concernés. Selon le communiqué de l’INSERM : « L’enquêteur formé a recueilli des informations standardisées sur les détails cliniques (chez le participant et ses proches), les antécédents d’exposition possible (notamment les antécédents de voyage en Asie), et tout événement remarquable chez les contacts étroits (par exemple, une pneumonie inexpliquée). ».



Les résultats de cette enquête sont les suivants : 6 n’ont signalé aucun symptôme de la maladie (mais auraient pu être au contact de personnes ayant eu des symptômes), tandis que 5 autres ont évoqué des signes de maladies respiratoires. L'un des auteurs des travaux, Fabrice Carrat, directeur de l’Institut Pierre-Louis d’épidémologie, a expliqué : « Dans plus de la moitié des cas, on a affaire à des gens qui ont voyagé ou qui ont été en contact avec des personnes ayant été malades. ».



Le communiqué de l’INSERM conclut ainsi : « Ce rapport suggère que la circulation du virus et l’infection par le SARS-CoV-2 pourraient avoir eu lieu dès novembre 2019 en France. Il confirme également l’intérêt du suivi de grandes cohortes en population générale pour répondre à des questions de recherche telles que celles survenant lors d’une crise sanitaire d’une telle ampleur. ».

Cette conclusion a de quoi étonner puisque le premier cas de covid-19 en France a concerné un patient hospitalisé en décembre 2019 en Seine-Sainte-Denis. Il est vrai que certains faits troublants faisaient déjà état de ce virus avant décembre 2019, comme ces pneumonies bizarres du côté de Colmar. Des résultats italiens avaient aussi suggéré que les premiers cas en Italie remonteraient à octobre 2019.

Des analyses plus poussées vont être effectuées sur la base de ces travaux, en reprenant des échantillons de la même cohorte collectés entre août et novembre 2019 et remonter jusqu’à ce qu’on ne détecte plus ces anticorps neutralisants.

Pour avoir une vision plus globale, il serait intéressant que d’autres pays fassent ce même genre d’investigations rétrospectives lorsque c’est possible. On aurait ainsi une vision plus précise de l’historique sinon de l’origine de ce très mystérieux coronavirus qui, décidément, continue encore à surprendre les meilleurs épidémiologistes et les meilleurs virologues.


Aussi sur le blog.

Sylvain Rakotoarison (10 février 2021)
http://www.rakotoarison.eu


Pour aller plus loin :
Publication scientifique à télécharger : Carrat, F., Figoni, J., Henny, J. et al. Evidence of early circulation of SARS-CoV-2 in France: findings from the population-based “CONSTANCES” cohort. Eur J Epidemiol (2021).
Origine du coronavirus SARS-CoV-2 : détecté et en circulation en France depuis le 5 novembre 2019 ?
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https://rakotoarison.over-blog.com/article-sr-20210210-covid-cp-inserm.html

https://www.agoravox.fr/actualites/sante/article/origine-du-coronavirus-sars-cov-2-230882

http://rakotoarison.canalblog.com/archives/2021/02/11/38809013.html