Covid-19 : Où en est l’épidémie en France ? Et faut-il avoir peur du variant delta ?

« La situation sanitaire s’est encore nettement améliorée, mais la vigilance reste absolue. » (Gabriel Attal, à l’issue du conseil des ministres du 30 juin 2021).






La France est en plein déconfinement et le 30 juin 2021 marque une nouvelle étape après le 17 juin pour la fin de l’obligation du port du masque à l’extérieur et le 20 juin pour la fin du couvre-feu (mesure marquante puisque le couvre-feu existait depuis le mois d’octobre 2020). L’épidémie semble régresser partout en France.

Et pourtant parallèlement à cette véritable détente, à ce véritable soulagement après une année scolaire stressante, à cette euphorie du relâchement, il y a un nouveau danger qui guette l’Europe depuis plusieurs semaines, le variant delta (anciennement appelé le variant indien) qui constitue pour le gouvernement un « motif de préoccupation ».

Le variant delta pourrait, en France, être à l’origine d’une quatrième vague comme le variant alpha (le variant anglais) l’a été pour la troisième vague à partir du nouvel an 2021. On a beau vouloir fermer les frontières, renforcer les contrôles aux aéroports, il n’y a pas, il n’y aura jamais d’étanchéité absolue et le virus est suffisamment "malin" (dans le sens démoniaque) pour que son invasion du monde se fasse inéluctablement parce qu’il est le plus contaminant (une personne infectée en contamine six autres en moyenne).

L’esprit est pourtant plus à l’optimisme qu’à l’inquiétude : l’épidémie en général régresse énormément en France, beaucoup plus vite même que prévu. Tous les indicateurs chutent joyeusement et c’est vrai qu’il va être difficile de faire les rabat-joie, exactement comme l’été dernier, en 2020, où des Cassandre laissaient entendre la survenue d’une deuxième vague.

Tout l’enjeu du gouvernement est d’éviter non pas une quatrième vague (elle est déjà là, en fait), mais qu’elle soit un sujet à catastrophe tant dans les services de réanimation que dans les morgues (il ne s’agit pas de ménager des services à l’hôpital, il s’agit d’éviter la perte de vies humaines avant tout). Le risque est aussi que cette quatrième vague n’attende pas la fin de l’été.

La situation épidémique du Royaume-Uni pourrait être celle de l’Europe dans quelques semaines. Ce pays, qui avait réussi à réduire énormément l’épidémie grâce à une politique de vaccination rapide, est maintenant le septième pays où l’épidémie est la plus forte. À ce jour dans ce pays, il y a près de 18 000 nouveaux cas dépistés par jour en moyenne sur les sept derniers jours, soit une progression de plus de 70% en une semaine (le 30 juin 2021, c’est monté jusqu’à.26 000 nouveaux cas). Même le nombre de décès, qui avait fortement chuté depuis plusieurs semaines, est en train de remonter (j’y reviendrai plus bas), avec une augmentation de 30% en une semaine, actuellement environ 17 décès par jour en moyenne sur les sept derniers jours.

D’autres pays connaissent aussi une forte remontée des contaminations à cause du variant delta. Au Portugal, il y a une augmentation de 33% des contaminations par rapport à la semaine dernière, Lisbonne est très touché. L’Espagne aussi avec une augmentation de 32% des nouveaux cas en une semaine.

Parmi les pays les plus touchés, la Russie subit une véritable flambée du variant delta, notamment à Moscou et à Saint-Pétersbourg (25% de progression par rapport à la semaine dernière, avec plus de 20 000 nouveaux cas dépistés chaque jour). Dans ces deux villes, la vaccination est devenue obligatoire pour tous les personnels de service (alors que Vladimir Poutine avait répété qu’il était contre l’obligation vaccinale). La Russie compte environ 650 décès chaque jour depuis plusiuers semaines. Des pays comme l’Australie reconfinent certaines villes (Sydney), Israël commence à revenir sur la fin de l’obligation du port du masque dans des lieux publics clos, etc. Sont aussi durement frappés l’Indonésie, la Colombie, l’Argentine, l’Afrique du Sud, le Bangladesh, la Thaïlande, le Mexique, la Tunisie… La liste est longue des pays qui ont une résurgence épidémique (avec ou sans variant delta, d’ailleurs, car certains pays n’ont pas les moyens de faire systématiquement le séquençage).

Tous les spécialistes estiment qu’à la fin de l’été, le variant delta sera à l’origine de 90% des contaminations en France, comme c’est le cas aujourd’hui en Grande-Bretagne. Ce mercredi 30 juin 2021, selon le porte-parole du gouvernement, le variant delta est à 20%, il a doublé en une semaine. Néanmoins, le foyer de variant delta dans les Landes semble avoir été circoncit (il reste que dans ce département, 70% des contaminations sont le fait du variant delta).

Les bonnes nouvelles, c’est une baisse continue des dégâts humains. Le nombre de décès a baissé en une semaine de 23% en atteignant une moyenne de 33 décès chaque jour (ce qui fait au total 111 082 décès au 30 juin 2021). Le nombre de personnes hospitalisées a baissé énormément, 8 451 au 30 juin 2021, et le nombre de personnes en réanimation aussi, même si cette baisse est très lente (1 204 personnes en réanimation au 30 juin 2021, soit beaucoup moins d’un quart des capacités en réanimation, dont moins de 366 en Île-de-France, au 29 juin 2021). Le rythme est un peu moins de trois personnes admises en réanimation toutes les deux heures en France. Tout n’est donc pas terminé.

Sur le nombre de nouvelles contaminations en France, la situation a un peu évolué. Certes, il y a une baisse encore de 17% par rapport à la semaine dernière, avec une moyenne de 1 900 nouveaux cas quotidiens, mais ce nombre se stabilise maintenant, voire repart à la hausse. Le taux d’incidence aussi, avec 18,5 nouveaux cas par semaine pour 100 000 habitants au 26 juin 2021. Ce taux d’incidence est à la hausse, à 18,7 au 27 juin 2021. Cette remontée est très récente (quelques jours) et a de quoi préoccuper les épidémiologistes. Le taux de positivité des tests est de 0,76% (au 27 juin 2021) et le taux de reproduction effectif 0,54 (au 19 juin 2021).

Il y a toujours quelques étrangetés, par exemple, en Allemagne, le nombre de nouveaux cas est bien plus bas qu’en France (pourtant avec une baisse parallèle à celle de la France), en moyenne sur les sept derniers jours, 600 nouveaux cas par jour, mais le nombre de décès est supérieur à celui en France, une moyenne de 45 décès par jour. En gros, en Allemagne, il y a trois fois moins de cas et la moitié plus de décès qu’en France. L’une des explications, c’est qu’en France, on teste plus qu’en Allemagne. Au 30 juin 2021, près de 93,1 millions de tests ont été réalisés depuis le début de l’épidémie (soit 1,42 test par habitant en moyenne) alors qu’en Allemagne, seulement 63,8 millions (soit 0,76 test par habitant, la moitié). D’autres causes peuvent expliquer ces différences, par exemple, une meilleure application de la priorité de la vaccination auprès des personnes vulnérables en France.

Si l’on s’en tient à la photographie, donc très statique, la situation épidémique en France est rassurante. Elle explique pourquoi le gouvernement a devancé quelques mesures de déconfinement (masque, couvre-feu). Mais ce n’est qu’une photo et une épidémie ne s’analyse qu’en dynamique, sur le film qui suit.

Or, on est bien incapable de fournir des scénarios fiables pour la suite.

Précisons bien une chose : la baisse des indicateurs (nouveaux cas dont la baisse s’est arrêtée, réanimation, décès) a plusieurs causes, évidemment, la première est la conséquence du confinement du mois d’avril 2021, mais pas seulement. La vaccination y est aussi en cause, du moins sur les effets d’une contamination, peut-être pas sur le nombre de contaminations, car pour qu’il y ait un effet sur le nombre de contaminations, il faudrait atteindre l’immunité collective et l’on en est encore loin, même si une personne vaccinée qui se fait infecter a beaucoup moins de risque de transmettre le virus qu’une personne non-vaccinée (car sa charge virale est nettement diminuée). Il y a aussi moins de risque de contamination pour une personne vaccinée par rapport à une personne non-vaccinée qui a été déjà été infectée auparavant.

L’Institut Pasteur explique ainsi le 28 juin 2021 : « Les personnes non-vaccinées contribuent à la transmission de façon disproportionnée : une personne non-vaccinée a douze fois plus de risque de transmettre le SARS-CoV-2 qu’une personne vaccinée. » (Bosetti et al., Epidemiology and control of SARS-CoV-2 epidemics in partially vaccinated populations ; a modeling study applied to France). L’étude de trente-neuf pages conclut notamment par : « Parmi toutes les mesures étudiées, la vaccination des non-vaccinés est l’approche la plus efficace pour contrôler l’épidémie. » (j’insiste bien sur le dernier mot : pour contrôler l’épidémie, pas la population comme le croient quelques pitoyables complotistes !).

En outre, la situation saisonnière ne semble pas jouer un rôle déterminant, sinon pourquoi la remontée en Grande-Bretagne, Espagne, Portugal, Russie, Bangladesh, etc. cet été ? Du reste, cette non-saisonnalité avait déjà été observée un peu partout lors des vagues épidémiques du covid-19 lorsque la température était autour de 35-40°C. Si jamais la saisonnalité avait un effet, il serait à la marge, négligeable en cas de forte hausse épidémique, et décelable seulement lorsqu’il n’y a quasiment plus de nouveau cas).

Nul doute que le variant delta aille se développer en France, comme dans les autres pays. Ce serait naïf de croire que la France serait épargnée, avec ou sans mesures pour tenter de l’y soustraire (comme le fameux : tester, séquencer, tracer, isoler).

Quelle est la seule parade face au variant delta et plus généralement face au covid-19 pour en finir avec les séquences de déconfinement et reconfinement ? Évidemment, la vaccination comme l’a rappelé l’Institut Pasteur. Après plusieurs centaines de millions de vaccinations dans le monde, et plus d’un an de recul (les premiers tests cliniques en phase 2 ont eu lieu à partir d’avril 2020), on arrive encore à lire des bêtises, désinformations, intoxications pour ne pas dire plus sur Internet. Heureusement, cela n’influence pas la grande majorité des personnes qui ont un peu d’instruction et qui connaissent le principe du vaccin.

Le monde a une chance folle : en moins d’un an, nous avons plusieurs vaccins très efficaces (bien plus que les vaccins habituels) contre un virus dont on ne connaissait pas l’existence en 2019. C’est une chance miraculeuse. On comprend d’ailleurs difficilement que ceux qui rouspètent (avec légitimité) contre les mesures de restriction sanitaire puissent bouder le vaccin alors que c’est justement la parade quasi-inespérée.

En France, nous avons une autre chance folle : la vaccination est gratuite et le choix du lieu libre. Cela signifie que la vaccination est ouverte à tous (actuellement, après les mesures de priorités pour les personnes vulnérables). Depuis le 15 juin 2021, toutes les personnes de plus de 12 ans peuvent se faire vacciner (avec évidemment le double accord parental jusqu’à 18 ans). Gratuite et libre : on peut choisir son lieu de vaccination tant pour la première dose que pour la seconde dose (j’y reviendrai plus tard). Cela signifie qu’on pourrait se faire injecter la seconde dose sur son lieu de vacances (même si je conçois que cela peut poser des problèmes, mais mineurs).

Les tests de dépistages, eux aussi, sont gratuits et libres. Cette politique sanitaire permet d’avoir une situation globale fiable de l’épidémie. L’Académie de médecine a proposé de rendre payants les tests dits de confort, ce qu’il faut comprendre par des tests qu’on doit faire faute d’être vacciné pour entrer dans des aéroports, des stades ou d’autres lieux où le passe sanitaire est nécessaire. C’est une profonde erreur. On avait critiqué le gouvernement d’avoir fait peu de tests au début, mais, comme je l’ai écrit plus haut, on teste maintenant deux fois plus qu’en Allemagne. Les rendre payants, c’est changer complètement de doctrine, c’est culpabiliser certaines personnes. Ce serait une erreur fondamentale. Pour l’heure, le gouvernement a annoncé que les tests pour les touristes étrangers seraient payants à partir du 7 juillet 2021.

La ministre Brigitte Bourguignon a rappelé le 29 juin 2021 à l’Assemblée Nationale l’excellence de notre force de frappe : « Force est de constater que notre système de tests, qui permet d’effectuer chaque semaine plus de 1,8 million de tests gratuits, partout sur le territoire, est un des plus performants d’Europe, avec celui du Danemark. Nous employons en outre la technique du criblage, pour savoir en moins de vingt-quatre heures si une personne est contaminée par un variant, ce qui nous permet d’adapter et de prioriser le tracing. ». Pour information, près de 69 millions de tests ont été réalisés au Danemark, soit 11,8 tests par habitants ! Au Royaume-Uni, c’est 212 millions en tout, soit 3,1 tests par habitants.



À ce compte-là, car j’y reviens, on pourrait aussi décider de faire payer la vaccination. L’idée serait la suivante : on déciderait de faire payer la vaccination à partir du 1^er septembre 2021, ou 1^er octobre 2021, avec des situations où la vaccination serait obligatoire (vol aérien, etc.). L’effet d’aubaine encouragerait les derniers hésitants à se faire vacciner rapidement, tant que c’est gratuit. L’idée pourrait être bonne, mais c’est un fusil à un coup : si le taux de couverture vaccinal restait encore trop faible à la fin de la période de gratuité, l’opération aurait alors échoué. Le risque est trop grand pour faire n’importe quoi.

Deux mesures sont régulièrement évoquées pour améliorer le dispositif de lutte contre le covid-19. La première est de contraindre les personnes contaminées à l’isolement. Brigitte Bourguignon a évoqué le champ du possible juridique, le 29 juin 2021 à l’Assemblée Nationale : « Face aux variants, nous renforcerons ce dispositif de contact tracing en le déployant dans tous les départements à compter du 1^er juillet. Par ailleurs, les cellules territoriales d’appui à l’isolement resteront actives cet été pour proposer solutions d’hébergement, aide matérielle, livraison de repas ou de courses, par exemple et entre autres, à ceux qui doivent s’isoler. Comme vous le savez (…), il n’est pas possible, dans le cadre juridique existant, d’avoir recours à un isolement contraint, sauf lorsque les personnes entrent sur le territoire français après avoir franchi un frontière. Dans ces derniers cas, le dispositif existant d’isolement contraint, assorti de contrôles aléatoires, est maintenu pour les personnes en provenance de pays classés en zone rouge. ».

L’autre réponse, c’est aussi d’obliger le personnel soignant de se faire vacciner. Actuellement, il y a trop de soignants qui ne sont pas vaccinés : seulement 50% des personnels en EHPAD sont vaccinés et 70% des personnels hospitaliers. Cela a engendré des foyers de contamination, notamment à l’EHPAD de Pontonx-sur-l’Adour visité par Jean Castex et Olivier Véran le 22 juin 2021.

La réponse de Brigitte Bourguignon, toujours le 29 juin 2021 : « Le ministre des solidarités et de la santé et moi-même appelons solennellement les soignants et ceux qui travaillent quotidiennement auprès de personnes vulnérables à se faire vacciner. Nous avons transmis ce jour un courrier à tous les directeurs d’EHPAD, en leur délivrant un message fort : si la couverture vaccinale des soignants ne s‘améliore pas significativement d’ici à septembre, nous serons amenés à rendre la vaccination obligatoire. La vaccination obligatoire n’est pas un tabou. Elle existe déjà pour l’hépatite B. (…) À l’heure actuelle, la menace majeure, c’est la covid-19. Se faire vacciner est donc, pour les soignants, un impératif moral, qui pourrait prochainement devenir un impératif tout court. ».

En d’autres termes, le gouvernement ne compte rendre obligatoire la vaccination des soignants qu’en septembre prochain si le taux de soignants vaccinés est en dessous de 80%. Cependant, beaucoup de médecins réclament la vaccination obligatoire des soignants dès maintenant et ne pas attendre deux mois, d’autant plus qu’il faut faire deux doses et attendre encore deux semaines pour être protégé.

Et restons à la vaccination. Car c’est là notre salut. Ce n’est pas une parole religieuse, c’est le constat rationnel de la chance qui nous est donnée, nous l’humanité en entier. ll faut stopper l’épidémie le plus possible car plus le virus se reproduit, plus il mute. Généralement, la mutation fait dans le sens d’une plus grande capacité de contamination et d’une plus faible virulence, c’est le seul moyen, pour le virus, de pouvoir survivre (le décès de l’hôte tue aussi le virus, si le verbe tuer a un sens pour un virus). Pourtant, des études tendraient à prouver aussi une plus grande virulence du variant.

Pourquoi la vaccination est-elle la chance ? Parce que les dernières études montrent que les vaccins sont efficaces même contre variant delta, à condition d’avoir les deux doses. "Le Monde" du 22 juin 2021 a cité le dernier bulletin technique de Public Health England (PHE) qui affirme que l’efficacité des vaccins contre le risque d’hospitalisation en cas d’infection par le variant delta est de 75% après une seule dose et 94% après deux doses. Attention, "après" signifie deux semaine après l’injection. Précisément, après deux doses, le vaccin AstraZeneca est efficace à 92% contre la forme sévère et le vaccin Pfizer 96%, tout cela en cas d’infection par le variant delta. On peut donc certes trouver des personnes vaccinées développant une forme sévère de la maladie, puisque l’efficacité n’est pas de 100%.

Par ailleurs, les personnes vaccinées développent deux fois moins les formes symptomatiques (modérée) de la maladie (avec une seule dose, l’efficacité n’est que de 31%). Le nombre très élevé de personnes vaccinées permettra de multiplier les études sur l’efficacité des vaccins contre le variant delta. Là aussi, c’est une chance que les vaccins protègent du variant delta. Pour les vaccins à ARN messager, ce n’est cependant pas une surprise puisque la cible de ces vaccins est la molécule spike et pas le virus en lui-même.

Ce qui est clair, c’est que plus il y aura de personnes vaccinées, plus les personnes non-vaccinées auront le risque d’être contaminées et de développer des formes graves. C’est cela qu’il faut sans cesse répéter. Pour des raisons légitimes d’appréhension, de doute, on peut hésiter, mais face au danger qui guette (le variant delta envoie des personnes en réanimation de plus en plus jeunes), il n’y a pas à hésiter, il faut en finir avec cette saloperie et la seule chance d’en finir, c’est de se faire vacciner, et se faire vacciner rapidement, avant que le virus n’ait le temps de continuer encore et toujours à muter.

Donc, oui, il faut vacciner, vacciner, vacciner. Tout l’été. Jusqu’à maintenant (15 juin 2021), tous les objectifs du gouvernement ont été atteints, même avec un peu d’avance sur le calendrier. Mais le prochain objectif paraît plus ambitieux pour la fin de l’été : 40 millions de primo-vaccinés (au moins une dose) et 35 millions de vaccinés complètement (principalement deux doses).

On dit, depuis une semaine, que la vaccination se tasse et l’on commence à s’inquiéter du rythme. Je ne le perçois pas ainsi. Certes, il y a beaucoup moins de primo-vaccinés qu’avant parce que ces dernières semaines, ce sont surtout des personnes qui venaient pour les secondes doses. Mais les adolescents, par exemple, se font vacciner massivement, les premières doses ralentissent aussi dans la perspective des vacances estivales avec difficulté pour faire ensuite la seconde dose. C’est donc normal qu’il y ait un ralentissement, car les familles ont besoin aussi de s’organiser.

En nombre de doses, le rythme reste toujours très soutenu en France. Le cap de 50% de la population totale ayant reçu au moins une dose a été franchi ce lundi 28 juin 2021, ce qui est très honorable et montre que la capacité de la France, c’est-à-dire principalement des milieux sanitaires et surtout des collectivités territoriales, à vacciner massivement est très élevée, d’autant plus que nous disposons en tout, au 26 juin 2021, de plus de 63,6 millions de doses (depuis le début).

Au 30 juin 2021, il y a eu 33 896 012 personnes qui ont reçu une dose (soit 50,6% de la population totale) et 22 785 561 personnes vaccinées complètement (soit 34,0% de la population totale). Pour résumer, en ce début de l’été 2021, ou fin du mois de juin 2021, il y a la moitié de la population qui est primo-vaccinée et le tiers qui est complètement vacciné. Il n’y a aucune raison que le rythme s’essouffle pendant l’été, d’autant plus que les gens sont finalement très raisonnables et les militants complotistes anti-vaccin sont très peu nombreux, il ne s’agit pas de les confondre avec des personnes qui doutent encore et peuvent se laisser convaincre. Du reste, le Premier Ministre Jean Castex a annoncé au Sénat ce 30 juin 2021 que les rendez-vous pour la première dose ont augmenté de 10 à 20% ces derniers jours, ce qui montre bien qu’il y a la poursuite de l’effort continu des Français pour la vaccination.

La preuve que la situation me paraît plutôt rassurante, c’est de regarder les données collectées par le site CovidTracker.fr des différentes catégories (à part celle des 12-18 ans dont je n’ai pas les données). Les données ici sont au 28 juin 2021. On disait par exemple que les personnes âgées étaient arrivées à un seuil vers les 80%, mais ce n’est pas le cas et leur nombre continue encore à progresser. 84,5% des plus de 75 ans ont reçu au moins une dose et 77,2% sont vaccinés complètement. Les 65-74 ans sont encore mieux couverts : 85,5% ont eu au moins une dose et 72,6% sont vaccinés complètement. Pour ces deux catégories, le taux de 90% peut être atteint.



Mais les plus jeunes suivent assez bien, juste en retard en raison de la stratégie de priorité aux plus vulnérables. 73,0% des 50-65 ans ont eu au moins une dose, 50,7% deux doses. Quant aux autres, qui n’ont pas se faire vacciner (hors situation particulière) qu’à partir du 31 mai 2021, la situation est très honorables : 52,3% des 20-50 ans ont déjà reçu au moins une dose et 24,4% deux doses (comme il faut un certain temps entre les deux doses, c’est normal que le nombre de secondes doses soit assez faible). Et les 18-30 ans ne sont pas non plus honteux : 43,5% au moins une dose et 15,4% deux doses.

Comme on le voit, c’est bien tout le peuple français qui va se faire vacciner, il faut un certain temps, d’abord de réflexion, puis d’organisation, mais une très large majorité des Français ira se faire vacciner, c’est une évidence déjà presque atteinte. Et aujourd’hui, on dispose de toutes les doses nécessaires. C’est heureux et il faudra aussi remercier ce peuple pour son esprit de responsabilité et sa rationalité. La grande majorité des gens a compris l’enjeu. Et cela fait chaud au cœur. Les 111 000 familles endeuillées les en remercient. Et disons-le clairement, je préfère un peuple qui se fait vacciner à un peuple qui ne se fait pas vacciner mais préfère voter aux élections locales. On ne participe jamais bien que lorsque les enjeux sont clairement compris. Ceux de la vaccination contre le covid-19 étaient manifestement plus compris que la gestion des régions et des départements…


Aussi sur le blog.

Sylvain Rakotoarison (30 juin 2021)
http://www.rakotoarison.eu


Pour aller plus loin :
Bosetti et al., Epidemiology and control of SARS-CoV-2 epidemics in partially vaccinated populations ; a modeling study applied to France, Institut Pasteur, 28 juin 2021 (à télécharger).
Covid-19 : Où en est l’épidémie en France ? Et faut-il avoir peur du variant delta ?
Covid-19 : la divine surprise.
Vive le déconfinement, mais attention au relâchement !
Covid-19 : passe sanitaire et obligation vaccinale.
Dénigrements du vaccin Pfizer sur le Web : une origine russe ?
Plus de 20 millions de Français vaccinés : et moi et moi et moi.
Covid-19 : le passe sanitaire né dans la douleur en France.
Levée des brevets des vaccins anti-covid-19 : de la théorie à la pratique.
La balance bénéfices-risques du vaccin d’AstraZeneca.
Covid-19 : 100 000 décès en France, 1 million en Europe.
Le vaccin russe Sputnik V.
Témoignage : au cœur d’un centre de vaccination contre le covid-19.
Origine du coronavirus SARS-CoV-2 : détecté et en circulation en France depuis le 5 novembre 2019 ?
La technologie à ARN messager de Katalin Kariko.
Pandémie de covid-19 : plus de 2 millions de décès et une poignée de néo-négationnistes.
7 questions sur les vaccins contre le covid-19.
Covid-19 : vaccins et informations parcellaires.
La lune de Jupiter.
Faudra-t-il rendre obligatoire le futur vaccin contre le covid-19 ?






https://rakotoarison.over-blog.com/article-sr-20210630-covid-dm.html

https://www.agoravox.fr/actualites/sante/article/covid-19-ou-en-est-l-epidemie-en-233968

http://rakotoarison.canalblog.com/archives/2021/06/26/39032457.html